Cơ cấu tổ chức

a. Mô hình tổ chức, quản lý Công ty
-. Công ty được tổ chức và hoạt động theo mô hình Hội đồng thành viên, Tổng giám đốc và Kiểm soát viên theo quyết định của Chủ sở hữu Công ty;
-. Chủ tịch Hội đồng thành viên không kiêm Tổng giám đốc;
-. Giúp việc cho Hội đồng thành viên, Chủ tịch Hội đồng thành viên có Tổng giám đốc, các Phó Tổng Giám đốc, Kế toán trưởng và các Phòng, Ban chức năng;
b. Cơ cấu tổ chức Đảng:
- Đảng ủy Công ty trực thuộc Đảng bộ UBND tỉnh Quảng Trị. 
- Đảng bộ có 4 Chi bộ trực thuộc gồm:
+ Chi bộ Văn phòng Công ty;
+ Chi bộ XN Thủy nông Nam Thạch Hãn; 
+ Chi bộ XN Thủy nông Gio Cam Hà
+ Chi bộ XN Thủy nông Vĩnh Linh.